Stěna průdušnice se skládá ze tří základních vrstev. Ve směru z lumina (L) k vnějšímu okraji jsou následující:

(1) tunica mucosa

(2) tela submucosa (někdy také tunica fibromusculocartilaginea)

(3) tunica adventitia

Tunica mucosa (1) se sama dělí do dvou podvrstev:

- rozhraní s luminem tvoří lamina epithelialis mucosae (1a), víceřadý cylindrický epitel s řasinkami, tzv. epitel dýchacích cest (nikoliv respirační epitel, ten tvoří pouze výstelku alveolů!). Základem epitelu jsou především řasinkové buňky (Ř), mezi nimi jsou rozptýleny buňky pohárkové. Při bazální membráně a bez kontaktu s luminem jsou buňky bazální (B). Dále jsou přítomny i buňky chomáčkové a buňky DNES. Na tomto preparátu se zachovaly pouze krátké úseky bazální vrstvy. Lépe zachovaný je epitel při vývodech žlázek (Epi).

- pod epitelem se nachází vrstva řídkého kolagenního vaziva, lamina propria mucosae (1b).

- lamina propria mucosae a tela submucosa jsou odděleny tenkou nesouvislou vrstvičkou elastických vláken (slabě se barvící, zato silně světlolomné, El).

Tela submucosa (2) je vrstva podslizničního pojiva. Někdy se tato vrstva také nazývá tunica fibromusculocartilaginea, což vystihuje její složení. Tato vrstva totiž zahrnuje vedle řídkého kolagenního vaziva také neúplné prstence hyalinní chrupavky (Ch) s perichondriem (PCh) ve ventrální a laterální části průdušnice a svazky hladkosvalových buněk (musculus trachealis, MuT) v části dorzální (paries membranaceus, PM). Nachází se zde také cévy (C).

- v submukóze průdušnice se nacházejí i drobné tuboalveolární seromucinózní žlázky, gll. tracheales (GT). Více se jich nachází v membranózní části průdušnice. Dají se rozlišit jednotlivé serózní aciny (S), mucinózní tubuly (M) i smíšené Giannuzziho lunuly (GL) i jejich vývody (V).

Tunica adventitia (3) je vrstva řídkého kolagenního vaziva, kterým přechází trachea plynule do mediastina.