Preparát pupečníku obsahuje několik struktur:

(1) cévní svazek – 2 aa. umbilicales a 1 v. umbilicalis

(2) rosolovité vazivo (tzv. Whartonův rosol) – forma nepříliš zralého vaziva s minimem vláknité složky

(3) vrstva amniového epitelu – jedna vrstva kubických až cylindrických buněk

(4) rudimentární struktury – nejčastěji urachus, ojediněle i pozůstatek ductus omphaloentericus s. vitellinus

Pupečníkový cévní svazek (1) je tvořen dvěma aa. umbilicales (AU) a jednou v. umbilicalis (VU). Tyto cévy se od sebe liší několika znaky:

- arterie mají výrazněji vyvinutou tunica media (me), u žíly je tato vrstva tenčí.

- lumen aa. umbilicales (lu-a) bývá užší než lumen v. umbilicalis (lu-v).

Okolo cévního svazku se nachází rosolovité vazivo, jinak také Whartonův rosol (2). Toto vazivo se spolu s mezenchymovým řadí mezi tzv. nezralá vaziva, tedy taková, u kterých převažuje buněčná (u mezenchymového) nebo mezibuněčná amorfní (u rosolovitého) nad mezibuněčnou vláknitou složkou.

Rosolovité vazivo (2) je, jako jakékoli jiné vazivo, tvořeno složkou buněčnou a mezibuněčnou hmotou.

- buněčná složka je zastoupena především fibrocyty (FiC), ev. jejich aktivní formou – fibroblasty (FiB). Jiné buňky se zde vyskytují spíše ojediněle.

- většinu objemu rosolovitého vaziva zaujímá amorfní složka mezibuněčné hmoty (Amo). Na histologickém preparátu je tato vrstva představována opticky prázdnými prostory mezi buňkami a vlákny rosolovitého vaziva. Z glykosaminoglykanů je zastoupena především kyselina hyaluronová. K lepšímu ozřejmení amorfní složky je nutné preparát nabarvit alciánovou modří, která specificky barví kyselé polysacharidy (mezi které HA patří).

- vláknitá složka mezibuněčné hmoty je reprezentována malým množstvím retikulárních vláken (Re), kolagenní vlákna jsou zastoupena minimálně.

Na povrchu pupečníku se nachází amniový epitel (3). Jedná se o jednovrstevný kubický až cylindrický epitel uložený na dobře vyvinuté bazální membráně (BM). Tento epitel je in vivo omýván plodovou vodou.

V rosolovitém vazivu se vyskytují i některé rudimentární struktury – běžně bývá součástí pupečníku tzv. urachus (4), což je zbytek z výběžku allantois (allantoida je jedním ze základů močového měchýře, její kraniální část vybíhá jako urachus až do pupečníku). Urachus je tvořen tubulem vystlaným jednovrstevným cylindrickým epitelem (U-epi) a okolním zahuštěným vazivem (U-vaz). Pokud je zde přítomný jen vazivový pruh bez epitelu, lze jej nazvat chorda urachi (pozn. takto se také označuje makroskopicky viditelný pozůstatek urachu, lig. umbilicale medianum)

Ojediněle může být přítomen i další rudiment, pozůstatek ductus omphaloentericus.